研究所主要从事康复医学相关基础研究工作，迄今为止，本所建立了神经科学研究与发现中心、北京脑重大疾病研究院神经损伤与修复研究所和神经损伤与康复北京市重点实验室。

　　研究所下设脊髓损伤康复研究室、脑损伤康复研究室、神经泌尿康复研究室、康复治疗技术研究室、医用高分子研究室等研究室;以及蛋白组学平台、分子生化平台、细胞生物平台、实验动物平台、实验病理平台、神经电生理实验平台、神经药理学实验平台等科研平台，针对当前康复领域的难点和热点开展科学研究，各研究室和各实验室共同形成科学研究和技术平台。